赛博特恩上的军用机器人联合起来，为争夺赛博特恩的领导权而同民用机器人发生了冲突。赛博特恩内战开始。战争双方都付出了惨重的代价。新的变形能力开发出来，同其他先进技术一样，率先运用到战争中，汽车人的领袖连续阵亡了多名。霸天虎制造出了第一个有威力的战士--威震天。它摧毁了最后一个汽车人领袖，能源宝传到钛师傅手中，直到交给擎天柱时为止。威震天制造了改装机开始建立它的军队，并抢占赛博特恩上的能源。
飞行太保救了一个被威震天打伤的叫奥立安•派克斯的机器人和他的女友--爱瑞尔，这两个机器人被钛师傅改造为擎天柱，爱丽达。
400万年前，赛伯坦的能源枯竭了，汽车人打算到宇宙中寻找能量对付霸天虎。霸天虎追踪汽车人飞离赛伯坦。双方在一颗行星附近激战，霸天虎在威震天的率领下攻入汽车人的飞船--方舟。激战中双方飞船坠毁在地球上。
地球行星轨道上又出现了两只飞船，飞船的主人被称为巨无霸和原始兽，双方在地球上空又一次重演了祖先的经历。双方飞船坠毁在地球上失去了返回家园——电子星（赛伯特恩）的能力。这些人扫描地球上生物的形态，以适应地球环境。