政治局会议决定由王明、周恩来、博古、叶剑英组成中共中央代表团，负责与国民党的谈判工作；由周恩来、博古、项英、董必武组成中共中央长江局，领导南部党的工作。
12月18日，博古与王明、周恩来、邓颖超、孟庆树等人一同抵达武汉，入住汉口原日租界中街89号，这里是八路军驻武汉办事处，中央代表团与长江局机关都秘密设置在89号第四层的大石洋行内。
为了工作方便，几天后中共中央代表团与中共中央长江局召开联席会议，决定合并为一个组织，对外称中共中央代表团，对内称长江局。由王明任书记，博古任委员，兼任组织部部长。在此间的工作中，博古始终没有与王明有任何亲密的表现，尤其是王明想要在武汉召开中共六届六中全会，让博古更加敬而远之。
1938年9月29日，中共中央六届六中全会在延安召开，这次会议结束了王明的右倾错误，撤销了中共中央长江局，在重庆新设中共中央南方局，由周恩来、博古、何克全、吴克坚、叶剑英、董必武任中央南方局常委，周恩来任书记，博古在任组织部长的同时，负责社会部和国际问题研究室。