南朝自东晋以后，佛教亦大盛。那时南方佛教的风尚，与北方颇不同。北方佛法常受王室拥护，颇想造成一种神权政治而没有成功。南方佛法则多由士大夫自由研习，他们多用纯哲学的探究，要想把佛教哲学来代替儒家思想，成为人生真理之新南针。他们大体都是居士而非出家的僧侣。因此北方佛教常带“政治性”，南方佛教则多带“哲学性”。北方佛教重在“外面的庄严”，南方佛教重在“内部的思索”。在这方面，南方佛教实较北方佛教为解放。当时南朝君主，如梁武帝，他的皈依佛教，亦纯为教义之真切向往，并不夹杂丝毫政治作用。但尊信佛法，到底要归重出世，或偏近庄老，不能做现实人生之指导。梁武帝因为一心崇佛，疏忽了实际政治，招致大乱，自身被困饿死，这是南方佛法进展一大打击。
当时南方亦有道、佛之争，但所争亦多属哲理方而，并不牵涉政治问题。当时有一争辩最烈的，关于“人类灵魂之有无”问题，亦起在梁武帝时，一派主张人生只有“心”的作用，没有灵魂，人死则心作用亦随与俱息，这一派称为“神灭论”。另一派则主张人生除心外别有“灵魂”，灵魂不随人死而俱灭，其人虽死，灵魂依然存在。这一派称为“神不灭论”。神灭论可说是中国的传统观念，只要人死，其人的心灵作用随以俱息，更无灵魂可以脱离肉体而存在。如此则人类生命只限于现世，没有所谓过去世与未来世。换言之，人生只有历史上即文化界的过去世与未来世，没有宗教上即灵魂界的过去世与未来世。故人类只当在此现实世界及其历史世界里努力，即向人类文化界努力，不应蔑去这个现世与历史文化世界而另想一个未来世界。如此则人生理论之归宿，势必仍走向儒家的路子。