他们两个无法参战，对于南云来说，等于没有了左膀右臂。紧接着，山本五十六遭受胃病的日夜煎熬，也病倒了。
5月28日，阿留申群岛牵制舰队由日本九州岛北端的港口出征。在南面，运载着500名登陆部队的日军运输舰从马里亚纳群岛中的塞班岛驶向中途岛。
5月29日晨，联合舰队的其他舰只从日本濑户内海起航。近藤信竹率领的中途岛攻击编队驶在整个舰队的最前面，后面是包括山本五十六的旗舰“大和号”的主力舰队，由34艘军舰组成。
山本五十六选定6月7日为进攻中途岛的日子。因为7日的月光对夜晚登陆有好处。
6月2日，由于南云航空母舰舰队没有雷达，在浓雾中朝中途岛方向驶去。再加上能见度很差，不能飞出弹射侦察机，结果南云舰队无法了解自己的处境。